2026
У центрі сюжету — Пітер Сазерленд, агент ФБР, який пройшов шлях від нічного оператора телефону в Білому домі до повноцінного учасника програми "Нічний агент". Після драматичних подій другого сезону Пітер отримує нове завдання: знайти молодого агента Казначейства США, що втік до Стамбула з конфіденційними урядовими документами після вбивства свого керівника. Те, що починалося як пошуки втечі, швидко перетворюється на глобальнішу загрозу — Пітер виявляє мережу «темних грошей», уникає професійних найманців, стикається з безжальною журналісткою, що шукає правду, і намагається запобігти терористичній атаці. Дії розгортаються в кількох країнах: Стамбул, Мехіко-Сіті, Нью-Йорк, Вашингтон, Домініканська Республіка та інших.
2025
У фіналі першого сезону "Нічного агента" стає зрозуміло, що глава адміністрації президента Діана Фарр є "кротом", а разом із віцепрезидентом Редфілдом і Гордоном Віком організувала теракт у метро. Після цього всі справи успішно завершуються, і Пітер вирушає на своє перше серйозне завдання. У другому сезоні, за задумом творців, події не відбуватимуться у Вашингтоні, а перенесуться в іншу частину світу, де з'являться нові персонажі. Це буде абсолютно нова історія, проте не менш захоплююча та жахлива.
Емілі та Метт, колишні агенти ЦРУ, давно вирішили залишити своє минуле позаду. Проте їхнє старе життя продовжує переслідувати їх. Коли їхні таємні особи раптово стають відомими, пара знову опиняється у світі небезпечних місій. Знову виникають старі зв'язки та напружені ситуації, і герої вимушені згадати ті навички, які колись мали. Тепер їхнє головне завдання - вижити і захистити своїх близьких, стикаючись із загрозами, які можуть зруйнувати їхнє мирне життя назавжди.
