2003
Нео остаточно усвідомив свою «обраність» і готовий йти своїм шляхом, проте не знає, які конкретні кроки йому слід зробити. Адже просто знищити всіх агентів чи витягнути кожного з матриці неможливо. Потрібно зруйнувати саму систему. Але як це зробити, якщо машини контролюють всю планету і зовсім не є беззахисними? Відповідь на ці питання може дати Піфія... Щоб людство знову здобуло свободу, потрібно вдарити в саме серце, де зосереджені нервові закінчення матриці, осередок цього віртуального концтабору. Для цього Нео має зрозуміти внутрішню суть світу, який перетворився на в'язницю для всього людства. Тим часом машини вже усвідомили загрозу, яку становить Нео, і не планують просто чекати свого кінця. Але це лише початок нових проблем: у цю гру вступає новий учасник, що переслідує власні цілі. Це новий, але водночас і старий ворог...
Життя є лише ілюзією... Спроби звільнити людство обходяться повстанцям у великі витрати і поки що приносять лише гіркі плоди. Повстання триває. Нео не зміг знищити матрицю, і тепер потужна армія машин наступає на останній притулок людства — вільне місто, яке може бути знищене. Залишилася єдина надія — обраний, наділений силою над системою. Чи зможе Нео зупинити вторгнення та привести повстанців до перемоги? Що можна протиставити армії, яка прагне до повного знищення? Відповідь знає лише обраний, якщо наважиться звернутися до свого внутрішнього голосу та зрозуміти сенс пророцтва. А поки що потрібно готуватися до найгіршого, адже ворог вже на порозі і атакує з усіх боків...
1999
Томас Андерсон - звичайний молодий чоловік, який працює програмістом у великій корпорації, виконуючи свою роль у складній системі. Проте ввечері він стає хакером на ім'я Нео. Це відбувається через його незадоволеність життям — не лише власним, а й життям загалом, всесвітом. Його терзають думки про те, що все в світі неправильно, і це постійно тисне на його свідомість. Крім того, Нео бачить дивні, тривожні сни, тому намагається менше спати, вважаючи, що його розум поступово втрачається. Відповідь на ці питання може дати тільки один чоловік — розшукуваний хакер Морфіус, який також прагне зустрічі. Адже з світом сталася серйозна неприємність: він виявився нереальним. А Нео — це той, кому судилося все виправити...
