2003
Нео остаточно усвідомив свою «обраність» і готовий йти своїм шляхом, але не знає, які конкретно кроки йому потрібно зробити. Адже просто знищити всіх агентів чи витягнути кожного з матриці неможливо. Потрібно зруйнувати саму систему. Але як це здійснити, якщо машини контролюють всю планету і зовсім не є беззахисними? Відповіді на ці питання може надати Піфія... Щоб людство знову здобуло свободу, потрібно вдарити в саме серце, де зосереджені нервові закінчення матриці, осередок цього віртуального концтабору. Для цього Нео має зрозуміти внутрішню суть світу, який став в'язницею для всього людства. Тим часом машини вже усвідомили загрозу, яку представляє Нео, і не планують просто чекати свого кінця. Але це лише початок нових проблем: у цю гру вступає новий учасник, що переслідує власні цілі. Це новий, але водночас і старий ворог...
Життя є лише ілюзією... Спроби звільнити людство обходяться повстанцям у великі витрати і поки що приносять лише гіркі плоди. Повстання триває. Нео не зміг знищити матрицю, і тепер потужна армія машин наступає на останній притулок людства — вільне місто, яке може бути знищене. Залишилася єдина надія — обраний, наділений силою над системою. Чи зможе Нео зупинити вторгнення та привести повстанців до перемоги? Що можна протиставити армії, яка прагне до повного знищення? Відповідь знає лише обраний, якщо наважиться звернутися до свого внутрішнього голосу та зрозуміти сенс пророцтва. А поки що потрібно готуватися до найгіршого, адже ворог вже на порозі і атакує з усіх боків...
1999
Томас Андерсон - звичайний молодик, який працює програмістом у великій компанії, виконуючи свою роль у складній системі. Але ввечері він перетворюється на хакера на ім'я Нео. Це відбувається через його незадоволеність життям — не лише своїм, а й життям загалом, всесвітом. Його мучать думки про те, що все в світі неправильно, і це постійно гнітить його свідомість. Крім того, Нео бачить дивні, тривожні сни, тому намагається якомога менше спати, вважаючи, що його розум поступово втрачається. Відповідь на ці питання може дати лише один чоловік — розшукуваний хакер Морфіус, який також прагне зустрічі. Адже з світом трапилася серйозна неприємність: він виявився нереальним. А Нео — це той, кому призначено все виправити...
