У всесвіті Marvel мутанти — це люди з генетично наділеними здібностями, які зазнають переслідувань з боку ненависників. Одним з місць, де вони можуть знайти прихисток, є Академія для обдарованих дітей професора Ксав'єра. Проте ця школа виконує й секретну роль: вона слугує тренувальним центром для вдосконалення навичок контролю над своїми здібностями, щоб мутанти могли в майбутньому інтегруватися у звичайне суспільство. Крім того, це таємна база для команди супергероїв «Люди Ікс», створеної як позитивний приклад для мутантів та для протистояння тим, хто прагне підкорити світ. Цей мультсеріал розповідає про їхні пригоди в боротьбі за визнання та протистоянні таким злодіям, як Магнето, Апокаліпсис та машини-руйнівники, відомі як Вартові.
