2003
Нео остаточно усвідомив свою «обраність» і готовий йти своїм шляхом, проте не знає, які конкретні кроки йому слід зробити. Адже просто знищити всіх агентів чи витягнути кожного з матриці неможливо. Потрібно зруйнувати саму систему. Але як це зробити, якщо машини контролюють всю планету і зовсім не є беззахисними? Відповідь на ці питання може дати Піфія... Щоб людство знову здобуло свободу, потрібно вдарити в саме серце, де зосереджені нервові закінчення матриці, осередок цього віртуального концтабору. Для цього Нео має зрозуміти внутрішню суть світу, який перетворився на в'язницю для всього людства. Тим часом машини вже усвідомили загрозу, яку становить Нео, і не планують просто чекати свого кінця. Але це лише початок нових проблем: у цю гру вступає новий учасник, що переслідує власні цілі. Це новий, але водночас і старий ворог...
